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慈恩禅寺は1606年、郡上八幡城主遠藤慶隆が開基となり、妙心寺円明国師の高弟半山和尚を迎え、釈迦如来を本尊として創建された古刹。

遠藤氏と金森氏等の遺跡や重文を多く保存し、山内一豊の妻である千代の出生についても不明とされていた部分がこの寺にあった家系図によって明解にされたいきさつがあります。